בסרט מככבים מילה יובוביץ', מישל רודריגז, אריק מביוס וג'יימס פיורפוי. זהו הסרט הראשון בסדרת האויב שבפנים, המבוסס על משחקי הישרדות-אימה של חברת קפקום, "Resident Evil". מחקר גנטיקה סודי נוצר בראקון סיטי על ידי תאגיד-העל "אמברלה" במתקן תת-קרקעי הנקרא "הכוורת". יום אחד, בכוורת, גונב גנב ובניסיון לטשטש את עקבותיו, זורק בקבוקון של נגיף-T, וירוס גנטי שעבר מוטציה, למעבדה, הגורם לבקבוקון להישבר והנגיף מתפשט סביב המעבדה ולתוך פתחי האוורור. הבריחה של הנגיף גורם לבינה מלאכותית של המתקן, המלכה האדומה, לגלות זיהום בתוך הכוורת. המלכה האדומה אוטמת את הכוורת, וכולאת והורגת בפנים את כולם. אליס מתעוררת באחוזה גדולה ונטושה, במעמקי הרי ארקליי מחוץ לראקון סיטי, עם אמנזיה. היא מוצאת שוטר, מאט, לידה. כאשר הם מנסים להבין מה קרה להם, קבוצה של קומנדו פורצת לאחוזה, לוכדת ולוקחת אותם לתחנת רכבת תחתית מתחת לאחוזה, שהיא אחת הכניסות הראשיות אל הכוורת. בתחנה, הקבוצה מגלה את ספנס, הסובל גם מאמנזיה. ראש הקומנדו, "אחד", מסביר כי כל אחד בקבוצה, למעט מאט, הוא עובד של תאגיד אמברלה. המלכה האדומה שיחררה גז עצבים באחוזה שגרם לאמנזיה שלהם. הקבוצה עולה לרכבת ונוסעת לכוורת, כדי לברר מה קרה.